U okviru Sektora za unutarnje osiguranje osnovane su tri unutarnje organizacijske jedinice i to:

a)    Odjel za unutanje osiguranje;

b)    Odjel za elektroniku;

c)    Odjel za podršku institucijama Bosne i Hercegovine u Mostaru.

Odjel za unutarnje osiguranje vrši praćenje i pripremu propisa iz oblasti osiguranja i protupožarne zaštite; vrši poslove fizičke, tehničke i protupožarne zaštite a koji se odnose na kontrolu ulaska, izlaska i kretanja osoba u objektima institucija Bosne i Hercegovine; izdavanje propusnica strankama i građanima za ulazak u zgradu  Parlamentarne skupštine Bosne i Hercegovine i Zgradu prijateljstva između Grčke i Bosne i Hercegovine, Ministarstvo vanjskih poslova Bosne i Hercegovine, Ministarstvo obrane Bosne i Hercegovine, Konak, Središnje izborno Povjerenstvo, Objekat u ulici Titova 9a, PSO Kumrovac, Objekat institucija Bosne i Hercegovine u ulici Đoke Mazalića, Predsjedništvo Bosne i Hercegovine, dva objekta u Istočnom Sarajevu, Objekat institucija Bosne i Hercegovine bivša Union Banka u ulici Dubrovačka broj 6, Objekat institucija Bosne i Hercegovine u Tuzli u ulici Maršala Tita broj 36, Objekat institucija Bosne i Hercegovine u Banja Luci ulica Jovana Surutke broj 13 i dva objekta institucija Bosne i Hercegovine u Mostaru; osigurava objekte i drugu opremu od uništenja, oštećenja i otuđenja; poduzima mjere za sprječavanje diverzije; vrši kontradiverzijsku zaštitu pregledom osoba i stvari koje se unose u zgradu, vrši poslove protupožarne zaštitee.

Odjel za elektroniku priprema pretpostavke za unaprjeđenje tehnologije i pravila koja omogućavaju pravilno funkcioniranje informacijskog i telekomunikacijskog kao i ostalih sistema, brine se za održavanje tehničke opreme i uređaja, vrši tonsko snimanje sjednica institucija Bosne i Hercegovine, te kontrolu ispravnosti održavanja automatskih telefonskih centrala i pripadajućih uređaja.

Odjel za podršku institucijama BiH u Mostaru vrši poslove fizičke, tehničke i protupožarne zaštite, a koji se odnose na kontrolu ulaska, izlaska i kretanja osoba u objektu u Mostaru; vrši se izdavanje propusnica strankama i građanima za ulazak u objekat; osigurava se objekat i druga oprema od uništenja, oštećenja i otuđenja; poduzimaju mjere za sprječavanje diverzije; vrši kontradiverzijsku zaštitu pregledom osoba i stvari koje se unose u objekat. U cilju efikasnog i kvalitetnog obavljanja poslova iz nadležnosti Službe, Odjel za podršku institucijama Bosne i Hercegovine u Mostaru je operativno i fizički izdvojen i smješten u objektu u kojem su smještene institucije Bosne i Hercegovine sa sjedištem u Mostaru, na adresi Kneza Domagoja bb i objektu u ulici Kneza Višeslava bb u Mostaru. Pored navedenih poslova, u okviru Odjela obavljaju se poslovi tekućeg održavanja objekta, instalacija, uređaja; osigurava zagrijavanje i klimatizacija radnog prostora; sudjeluje u tehničkim pregledima; vrši uređenje interijera i eksterijera zgrade, održavanje uredskog namještaja; vrši čišćenje radnih prostorija, sanitarnih prostora, stepeništa, prozora, staklenih površina, tepiha i drugih tekstilnih materijala koji se nalaze u radnim prostorijama i van njih (vanjski prostor objekta); pruža ugostiteljske usluge u objektu; vrši izradu investicijskih programa, predračuna, projekata i planova za investicijska i tekuća održavanja, obavlja stručno tehnički nadzor i sudjeluje u tehničkim pregledima i konačnim obračunima.