U okviru Sektora za pravne, financijske poslove i javne nabave osnovane su tri unutarnje organizacijske jedinice i to:

a)    Odjel za pravne i opće poslove;

b)    Odjel za financijsko-materijalne poslove;

c)    Odjel za provođenje postupaka javnih nabava.

Odjel za pravne i opće poslove vrši izradu normativnih akata Službe; priprema prijedloge akata koje Služba upućuje Vijeću ministara Bosne i Hercegovine; obavlja upravno-pravne poslove; vrši pravne, kadrovske i opće poslove; vrši poslove u vezi zasnivanja i prestanka radnog odnosa zaposlenih u Službi; vodi sve potrebne evidencije koje proizilaze iz radnog odnosa; priprema sve vrste ugovora; vrši poslove u vezi ostvarivanja prava iz zdravstvenog i mirovinskog osiguranja; vodi zapisnike sa sjednica Stručnog kolegija Službe; vodi pisarnicu Službe i arhiviranje dokumentacije; vrši prijem i otpremu pošte za potrebe institucija Bosne i Hercegovine; vodi evidenciju o nekretninama na kojima pravo raspolaganja imaju institucije Bosne i Hercegovine, obavlja poslove koordinatora postupka procjene utjecaja i e-konzultacije u izradi pravnih propisa u Službi.

Odjel za financijsko-materijalne poslove vrši poslove izrade financijskih planova; prati odobrena i utrošena sredstva po ekonomskim pozicijama; izrada financijskih izvješća zakonom propisanih, izrada godišnjih financijskih izvješća, vodi evidenciju stalnih sredstava, inventara, kao i sve knjigovodstveno-financijske poslove; surađuje sa Ministarstvom financija i trezora, ovlaštenim revizorima i odgovornim službenicima za predmetnu oblast; izvješće prema proračunu, poslove iz područja plaća, materijalnih troškova i druge analitičko planske poslove, priprema fakture; pravi realizaciju pruženih usluga i ispostavljenih faktura, vodi proračunske knjige sredstva i utrošak sredstava po pozicijama, vrši blagajničke poslove, evidencije svih naknada, te štampanje i umnožavanje i povezivanje štampanih i umnoženih materijala; vrši utovar i istovar materijala, roba, opreme i inventara, prijenos inventara, roba, ambalaže i materijala od pojedinih korisnika usluga.

Odjel za provođenje postupaka javnih nabava vrši provođenje postupaka javnih nabava za potrebe Službe; priprema i objedinjuje zahtjeve proračunskih korisnika za javne nabave; priprema tendersku dokumentaciju, ugovore i sačinjava obavještenja za objavu u „Službenom glasniku BiH“; sačinjava odgovore na prigovore/žalbe ponuđača; sačinjava plan nabava sukladno s odobrenim proračunom; prati izmjene zakonske regulative iz oblasti javnih nabava i predlaže izmjene u internim aktima Službe; pruža tehničku i savjetodavnu pomoć svim organizacijskim jedinicama Službe u vezi pripreme zahtjeva i specifikacija; pruža savjetodavnu pomoć rukovodstvu Službe iz oblasti javnih nabava.