U okviru Sektora za unutrašnje obezbjeđenje osnovane su tri unutrašnje organizacione jedinice i to:
Odsjek za unutrašnje obezbjeđenje;
Odsjek za elektroniku;
Odsjek za podršku institucijama Bosne i Hercegovine u Mostaru.
Odsjek za unutrašnje obezbjeđenje vrši praćenje i pripremu propisa iz oblasti obezbjeđenja i protivpožarne zaštite; vrši poslove fizičke, tehničke i protivpožarne zaštite a koji se odnose na kontrolu ulaska, izlaska i kretanja osoba u objektima institucija Bosne i Hercegovine; izdavanje propusnica strankama i građanima za ulazak u zgradu Parlamentarne skupštine Bosne i Hercegovine i Zgradu prijateljstva između Grčke i Bosne i Hercegovine, Ministarstvo vanjskih poslova Bosne i Hercegovine, Ministarstvo odbrane Bosne i Hercegovine, Konak, Centralnu izbornu Komisiju, Objekat u ulici Titova 9a, PSO Kumrovac, Objekat institucija Bosne i Hercegovine u ulici Đoke Mazalića, Predsjedništvo Bosne i Hercegovine, dva objekta u Istočnom Sarajevu, Objekat institucija Bosne i Hercegovine bivša Union Banka u ulici Dubrovačka broj 6, Objekat institucija Bosne i Hercegovine u Tuzli u ulici Maršala Tita broj 36, Objekat institucija Bosne i Hercegovine u Banja Luci ulica Jovana Surutke broj 13 i dva objekta institucija Bosne i Hercegovine u Mostaru; obezbjeđuje objekte i drugu opremu od uništenja, oštećenja i otuđenja; preduzima mjere za sprječavanje diverzije; vrši kontradiverzionu zaštitu pregledom osoba i stvari koje se unose u zgradu, vrši poslove protivpožarne zaštite..
Odsjek za elektroniku priprema pretpostavke za unaprjeđenje tehnologije i pravila koja omogućavaju pravilno funkcionisanje informacijskog i telekomunikacijskog kao i ostalih sistema, brine se za održavanje tehničke opreme i uređaja, vrši tonsko snimanje sjednica institucija Bosne i Hercegovine, te kontrolu ispravnosti održavanja automatskih telefonskih centrala i pripadajućih uređaja.
Odsjek za podršku institucijama BiH u Mostaru vrši poslove fizičke, tehničke i protivpožarne zaštite, a koji se odnose na kontrolu ulaska, izlaska i kretanja osoba u objektu u Mostaru; vrši se izdavanje propusnica strankama i građanima za ulazak u objekat; obezbjeđuje objekat i druga oprema od uništenja, oštećenja i otuđenja; preduzimaju mjere za sprječavanje diverzije; vrši kontradiverzionu zaštitu pregledom osoba i stvari koje se unose u objekat. U cilju efikasnog i kvalitetnog obavljanja poslova iz nadležnosti Službe, Odsjek za podršku institucijama Bosne i Hercegovine u Mostaru je operativno i fizički izdvojen i smješten u objektu u kojoj su smještene institucije Bosne i Hercegovine sa sjedištem u Mostaru, na adresi Kneza Domagoja bb i objektu u ulici Kneza Višeslava bb u Mostaru. Pored navedenih poslova, u okviru Odsjeka obavljaju se poslovi tekućeg održavanja objekta, instalacija, uređaja; obezbjeđuje zagrijavanje i klimatizacija radnog prostora; učestvuje u tehničkim pregledima; vrši uređenje interijera i eksterijera zgrade, održavanje kancelarijskog namještaja; vrši čišćenje radnih prostorija, sanitarnih prostora, stepeništa, prozora, staklenih površina, tepiha i drugih tekstilnih materijala koji se nalaze u radnim prostorijama i van njih (vanjski prostor objekta); pruža ugostiteljske usluge u objektu; vrši izradu investicionih programa, predračuna, projekata i planova za investiciona i tekuća održavanja, obavlja stručno tehnički nadzor i učestvuje u tehničkim pregledima i konačnim obračunima.