У оквиру Сектора за унутрашње обезбјеђење основане су три унутрашње организационе јединице и то:
Одсјек за унутрашње обезбјеђење;
Одсјек за електронику;
Одсјек за подршку институцијама Босне и Херцеговине у Мостару.
Одсјек за унутрашње обезбјеђење врши праћење и припрему прописа из области обезбјеђења и противпожарне заштите; врши послове физичке, техничке и противпожарне заштите а који се односе на контролу уласка, изласка и кретања особа у објектима институција Босне и Херцеговине; издавање пропусница странкама и грађанима за улазак у зграду Парламентарне скупштине Босне и Херцеговине и Зграду пријатељства између Грчке и Босне и Херцеговине, Министарство вањских послова Босне и Херцеговине, Министарство одбране Босне и Херцеговине, Конак, Централну изборну Комисију, Објекат у улици Титова 9а, ПСО Кумровац, Објекат институција Босне и Херцеговине у улици Ђоке Мазалића, Предсједништво Босне и Херцеговине, два објекта у Источном Сарајеву, Објекат институција Босне и Херцеговине бивша Унион Банка у улици Дубровачка број 6, Објекат институција Босне и Херцеговине у Тузли у улици Маршала Тита број 36, Објекат институција Босне и Херцеговине у Бања Луци улица Јована Сурутке број 13 и два објекта институција Босне и Херцеговине у Мостару; обезбјеђује објекте и другу опрему од уништења, оштећења и отуђења; предузима мјере за спрјечавање диверзије; врши контрадиверзиону заштиту прегледом особа и ствари које се уносе у зграду, врши послове противпожарне заштите..
Одсјек за електронику припрема претпоставке за унапрјеђење технологије и правила која омогућавају правилно функционисање информацијског и телекомуникацијског као и осталих система, брине се за одржавање техничке опреме и уређаја, врши тонско снимање сједница институција Босне и Херцеговине, те контролу исправности одржавања аутоматских телефонских централа и припадајућих уређаја.
Одсјек за подршку институцијама БиХ у Мостару врши послове физичке, техничке и противпожарне заштите, а који се односе на контролу уласка, изласка и кретања особа у објекту у Мостару; врши се издавање пропусница странкама и грађанима за улазак у објекат; обезбјеђује објекат и друга опрема од уништења, оштећења и отуђења; предузимају мјере за спрјечавање диверзије; врши контрадиверзиону заштиту прегледом особа и ствари које се уносе у објекат. У циљу ефикасног и квалитетног обављања послова из надлежности Службе, Одсјек за подршку институцијама Босне и Херцеговине у Мостару је оперативно и физички издвојен и смјештен у објекту у којој су смјештене институције Босне и Херцеговине са сједиштем у Мостару, на адреси Кнеза Домагоја бб и објекту у улици Кнеза Вишеслава бб у Мостару. Поред наведених послова, у оквиру Одсјека обављају се послови текућег одржавања објекта, инсталација, уређаја; обезбјеђује загријавање и климатизација радног простора; учествује у техничким прегледима; врши уређење интеријера и екстеријера зграде, одржавање канцеларијског намјештаја; врши чишћење радних просторија, санитарних простора, степеништа, прозора, стаклених површина, тепиха и других текстилних материјала који се налазе у радним просторијама и ван њих (вањски простор објекта); пружа угоститељске услуге у објекту; врши израду инвестиционих програма, предрачуна, пројеката и планова за инвестициона и текућа одржавања, обавља стручно технички надзор и учествује у техничким прегледима и коначним обрачунима.