Служба за заједничке послове институција Босне и Херцеговине основана је Одлуком Вијећа министара Босне и Херцеговине („Службени гласник БиХ“, бр. бр. 17/99, 50/10 и 71/11), ради обављања послова за потребе институција Босне и Херцеговине, који по својој природи спадају у дјелокруг заједничких послова. Служба је самостална у свом раду и има својство правног лица.
За обављање послова и задатака из надлежности Службе за заједничке послове институција Босне и Херцеговине, утврђене су основне и унутрашње организационе јединице. Основне организационе јединице су:
Уред директора;
Јединица интерне ревизије;
Сектор за инвестиционо и текуће одржавање;
Сектор за унутрашње обезбјеђење;
Сектор за сервисне услуге;
Сектор за правне, финансијске послове и јавне набавке.
Послови из надлежности основне организационе јединице обављају се у оквиру Одсјека као унутрашње организационе јединице.