U okviru Sektora za pravne, finansijske poslove i javne nabavke osnovane su tri unutrašnje organizacione jedinice i to:
Odsjek za pravne i opće poslove;
Odsjek za finansijsko-materijalne poslove;
Odsjek za provođenje postupaka javnih nabavki.
Odsjek za pravne i opće poslove vrši izradu normativnih akata Službe; priprema prijedloge akata koje Služba upućuje Vijeću ministara Bosne i Hercegovine; obavlja upravno-pravne poslove; vrši pravne, kadrovske i opće poslove; vrši poslove u vezi zasnivanja i prestanka radnog odnosa zaposlenih u Službi; vodi sve potrebne evidencije koje proističu iz radnog odnosa; priprema sve vrste ugovora; vrši poslove u vezi ostvarivanja prava iz zdravstvenog i penzionog osiguranja; vodi zapisnike sa sjednica Stručnog kolegija Službe; vodi pisarnicu Službe i arhiviranje dokumentacije; vrši prijem i otpremu pošte za potrebe institucija Bosne i Hercegovine; vodi evidenciju o nekretninama na kojima pravo raspolaganja imaju institucije Bosne i Hercegovine, obavlja poslove koordinatora postupka procjene uticaja i e-konsultacije u izradi pravnih propisa u Službi.
Odsjek za finansijsko-materijalne poslove vrši poslove izrade finansijskih planova; prati odobrena i utrošena sredstva po ekonomskim pozicijama; izrada finansijskih izvještaja zakonom propisanih, izrada godišnjih finansijskih izvještaja, vodi evidenciju stalnih sredstava, inventara, kao i sve knjigovodstveno-finansijske poslove; sarađuje sa Ministarstvom finansija i trezora, ovlaštenim revizorima i odgovornim službenicima za predmetnu oblast izvještaj prema proračunu, poslove iz područja plaća, materijalnih troškova i druge analitičko planske poslove, priprema fakture; pravi realizaciju pruženih usluga i ispostavljenih faktura, vodi budžetske knjige sredstva i utrošak sredstava po pozicijama, vrši blagajničke poslove, evidencije svih naknada, te štampanje i umnožavanje i povezivanje štampanih i umnoženih materijala; vrši utovar i istovar materijala, roba, opreme i inventara, prijenos inventara, roba, ambalaže i materijala od pojedinih korisnika usluga.
Odsjek za provođenje postupaka javnih nabavki vrši provođenje postupaka javnih nabavki za potrebe Službe; priprema i objedinjava zahtjeve budžetskih korisnika za javne nabavke; priprema tendersku dokumentaciju, ugovore i sačinjava obavještenja za objavu u „Službenom glasniku BiH“; sačinjava odgovore na prigovore/žalbe ponuđača; sačinjava plan nabavki u skladu sa odobrenim budžetom; prati izmjene zakonske regulative iz oblasti javnih nabavki i predlaže izmjene u internim aktima Službe; pruža tehničku i savjetodavnu pomoć svim organizacionim jedinicama Službe u vezi pripreme zahtjeva i specifikacija; pruža savjetodavnu pomoć rukovodstvu Službe iz oblasti javnih nabavki.