У оквиру Сектора за правне, финансијске послове и јавне набавке основане су три унутрашње организационе јединице и то:
Одсјек за правне и опће послове;
Одсјек за финансијско-материјалне послове;
Одсјек за провођење поступака јавних набавки.
Одсјек за правне и опће послове врши израду нормативних аката Службе; припрема приједлоге аката које Служба упућује Вијећу министара Босне и Херцеговине; обавља управно-правне послове; врши правне, кадровске и опће послове; врши послове у вези заснивања и престанка радног односа запослених у Служби; води све потребне евиденције које проистичу из радног односа; припрема све врсте уговора; врши послове у вези остваривања права из здравственог и пензионог осигурања; води записнике са сједница Стручног колегија Службе; води писарницу Службе и архивирање документације; врши пријем и отпрему поште за потребе институција Босне и Херцеговине; води евиденцију о некретнинама на којима право располагања имају институције Босне и Херцеговине, обавља послове координатора поступка процјене утицаја и е-консултације у изради правних прописа у Служби.
Одсјек за финансијско-материјалне послове врши послове израде финансијских планова; прати одобрена и утрошена средства по економским позицијама; израда финансијских извјештаја законом прописаних, израда годишњих финансијских извјештаја, води евиденцију сталних средстава, инвентара, као и све књиговодствено-финансијске послове; сарађује са Министарством финансија и трезора, овлаштеним ревизорима и одговорним службеницима за предметну област извјештај према прорачуну, послове из подручја плаћа, материјалних трошкова и друге аналитичко планске послове, припрема фактуре; прави реализацију пружених услуга и испостављених фактура, води буџетске књиге средства и утрошак средстава по позицијама, врши благајничке послове, евиденције свих накнада, те штампање и умножавање и повезивање штампаних и умножених материјала; врши утовар и истовар материјала, роба, опреме и инвентара, пријенос инвентара, роба, амбалаже и материјала од појединих корисника услуга.
Одсјек за провођење поступака јавних набавки врши провођење поступака јавних набавки за потребе Службе; припрема и обједињава захтјеве буџетских корисника за јавне набавке; припрема тендерску документацију, уговоре и сачињава обавјештења за објаву у „Службеном гласнику БиХ“; сачињава одговоре на приговоре/жалбе понуђача; сачињава план набавки у складу са одобреним буџетом; прати измјене законске регулативе из области јавних набавки и предлаже измјене у интерним актима Службе; пружа техничку и савјетодавну помоћ свим организационим јединицама Службе у вези припреме захтјева и спецификација; пружа савјетодавну помоћ руководству Службе из области јавних набавки.